Sjálfhreinsunarkerfi vísar til kerfis sem hefur ákveðna sjálfshreinsun og frásogsgetu fyrir umhverfismengun. Það er landbúnaðarvistfræðileg flókin þar sem umhverfismengun eru sjálfhreinsuð á þeirri forsendu að fara ekki yfir umhverfisgetu með eðlisfræðilegum, efnafræðilegum og líffræðilegum áhrifum landbúnaðarjarðvegs, plantna og örvera.
