Þeir sem eru á móti erfðabreyttum matvælum taka til margs konar hagsmunasamtaka, allt frá Greenpeace til bænda' samtök kristinna kirkna o.s.frv. Andstaða þeirra er einbeitt á þremur sviðum:
Í fyrsta lagi er erfðabreyting gegn náttúrunni og því skaðleg. Stuðningsmennirnir svöruðu því að í dag séu uppskera&# 39 ekki frumstæð afbrigði, annars ætti grænmetið sem fólk borðar að vera það sama og grasið sem dýrin borða.
Í öðru lagi, eftir að erfðaefni með ónæmislyf gegn illgresiseyði eða eitruðum meindýraeyðandi aðgerðum er komið í plöntur, er maturinn sem þeir veita öruggur fyrir menn? Til að bregðast við þessu lögðu stuðningsmennirnir áherslu á að fram að þessu hafi engar hæfar rannsóknarstofnanir fundið vísbendingar um að erfðabreytt matvæli skaði heilsu manna, en aðeins sé hægt að álykta um áhrif þeirra til lengri tíma og erfitt sé að fá yfirgripsmiklar sannanir til að sannfæra fólk.
Í þriðja lagi, er mögulegt að kynning á erfðabreyttum plöntum hafi of skyndileg áhrif á landbúnað og vistfræðilegt umhverfi? Efling erfðabreyttra plantna sem eru ónæmir fyrir illgresiseyðandi efnum getur hvatt bændur til ofneyslu illgresiseyða og þar með skaðað eða jafnvel útrýmt sumum uppskerum sem ekki eru aðal. Margir bændur í þróunarlöndunum hafa notað slíka ekki uppskeru sem viðbótarmat eða sem fóður. Bandaríska fiskveiðistjórnin hefur uppgötvað að 74 plöntutegundir eru í hættu vegna áhrifa illgresiseyða.