Flóðhestur er þriðja stærsta spendýrið á landi á eftir fílum og háhyrningum. Hann er með stóran og klaufalegan líkama, með líkamslengd 350-450 cm, halalengd um 56 cm og þyngd 3000-3500 kg, en hann er tiltölulega stuttur og með ákaflega stuttan útlim. Hæðin á öxlunum er aðeins 140-165 cm, ekki eins hátt og helmingur fílsins. Það er með þykkt höfuð og mjög stóran kjaft sem er stærri en hvers konar dýr á landi og hægt er að opna í 90 gráðu horn. Tennurnar í munninum eru líka mjög stórar. Bæði framtennur og hundatennur eru svipaðar og eru aðal árásarvopnið. Neðri framtennurnar vaxa ekki upp, heldur teygja sig samsíða að framan eins og skóflu. Lengdin getur náð 60-70 cm og þyngdin er 2-3 kíló, lengd hundatanna er um 75 cm. Augu, nös, eyrnaskeljar o.s.frv. Fæðast öll í efri enda andlitsins, næstum á sama plani. Húðin er mjög þykk, þykkt baks og hliða getur náð 4-5 cm, hún er dökkbrún og rauðfjólublá, slétt og hárlaus og aðeins með hár í munni, innri eyrum og skotti. Hver fram- og afturlimur er með nærri jafnstærar 4 tær, með klauf á oddi tærnar, sem eru í laginu eins og flatir klær með örlítið vefþéttu milli tánna.
Líkaminn flóðhesturinn&# 39 er þakinn þykku leðurlagi. Húðin er blásvört með múrsteinsrauðum merkingum. Nema nokkur stutt hár á skottinu, það er nánast ekkert hár á líkamanum. Húð flóðhestsins er óvenju þykk, með fitulagi að innan, sem gerir það kleift að fljóta áreynslulaust upp úr vatninu. Þegar flóðhestur verður fyrir lofti gufar upp raki í húð hans miklu meira en annarra spendýra. Það eru engir svitakirtlar á húð flóðhestsins, en það eru aðrir kirtlar sem geta seytt rauðleitan rakan efnivið svipaðan sólarvörn. , Og getur komið í veg fyrir skordýrabit. Flóðhestar geta ekki verið of lengi frá vatninu. Af þessum sökum verða flóðhestar að vera í vatni eða blautum búsvæðum til að koma í veg fyrir ofþornun.