Flúrljósmásjá og venjuleg smásjá hefur eftirfarandi mun
1. Lýsingaraðferðin er venjulega epilýsing, það er, ljósgjafanum er varpað á sýnið í gegnum hlutlinsuna;
2. Ljósgjafinn er útfjólublátt ljós, bylgjulengdin er styttri og upplausnin er hærri en venjulegra smásjár;
3. Það eru tvær sérstakar síur. Sá fyrir framan ljósgjafa er notaður til að sía út sýnilegt ljós og sá milli augnglerins og linsunnar er notaður til að sía út útfjólubláa geisla til að vernda augu manna.