Tvívídd hlaup rafdráttartækni og massagreiningartækni eru nú mest notuðu aðferðirnar til að rannsaka próteindækni. Tvívíð hlaup rafdráttartækni notar ísóelektrískan punkt og mólþungamismun til að greina ýmis prótein. Þrátt fyrir að erfitt sé að greina lítið magn af próteinum með tvívíddar rafdrætti í hlaupi, þá gera það meiri kröfur um aðgerð, en mikið afköst þess, góð upplausn og endurbyggjanleiki og einkenni þess að vera sameinuð massagreiningu gerir það vinsælasta og áreiðanlegasta Proteomics rannsóknaraðferðir. Tvívítt hlaup rafdráttartækni og rannsóknaraðferðir byggð á massagreiningu eru próteinfræði, undirbúningur sýnis → jafnvægisfókus → pólýakrýlamíð hlaup rafdráttur → hlaup litun → grafa út áhugaverða próteinbletti → meltingu í hlaupi → massagreiningargreiningu til að ákvarða peptíð Fingrafar eða amínó að hluta sýruröð → nota gagnagrunn til að ákvarða prótein. Rannsóknir á próteinslíkindum krefjast próteinaðskilnaðar í mikilli upplausn og nákvæmar og viðkvæmar aðferðir til að greina massagreiningu. Litun próteina í hlaup rafdrætti hefur ekki aðeins áhrif á upplausn próteinaðskilnaðar, heldur hefur það einnig áhrif á auðkenningu massagreininga. Próteinlitun má skipta í fjóra flokka: lífrænt hvarfefni, silfurlitun, blómstrandi litun og ísótópalitun.
Unlu o.fl. lagði til flúrljómun mismunadreifingu tvívíða rafdrátt (F-2D-DIGE) megindlega próteinsgreiningaraðferð. Differential hlaup rafdráttur (DIGE) er tæknileg framför 2-DE. Það sameinar aðferðina við margfeldisflúrgreiningu. Það aðgreinir mörg sýni merkt með mismunandi flúrljómun á sama hlaupinu og kynnir innra undirliggjandi hugtak. Próteinum í sýnunum tveimur er blandað saman við mismunandi flúrperunarmerki til að framkvæma 2-DE til að greina tjáningu próteinsins í sýnunum tveimur, sem bætir mjög nákvæmni, áreiðanleika og endurtakanleika niðurstaðna. Í DIGE tækni hefur hver próteinblettur sinn eigin innri staðal og hugbúnaðurinn getur sjálfkrafa kvarðað tjáningu sína samkvæmt innri staðli hvers próteinsblettar til að tryggja að uppgötvaðar próteinmagnbreytingar séu réttar. DIGE tækni hefur verið beitt í ýmsum sýnum.